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MTD 243-670 Manuale Utente Pagina 65

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3 Methoden
r
Z
M
Mzn
V
V
⋅⋅
=
Gleichung 3.2
M
Solv
V
V
23,1
1−=
Gleichung 3.3
V
M
:
Matthews-Koeffizient
V
z
: Volumen der Elementarzelle
n: Anzahl der Moleküle pro
asymmetrische Einheit
z: Anzahl der asymmetrischen
Einheiten pro Elementarzelle
M
r
: Molekulargewicht
V
Solv
: Solvensgehalt
3.6.3 Lösung des Phasenproblems
Da für die in dieser Arbeit vorgestellte Proteinstruktur bereits ein hinreichend
gutes Modell vorlag, konnte zur Lösung des Phasenproblems die Methode des
molekularen Ersatzes angewendet werden. Dazu wurde das im Programmpaket
ccp4-suite enthaltene Programm AMoRe benutzt (88, 127). Die mittels der
Patterson-Funktion P(uvw) (siehe Gleichung 3.4) aus den Quadraten der
Strukturfaktoramplituden F(hkl) durch Fourier-Transformation berechneten
Differenzvektoren u, v, und w der Elektronendichteverteilung können als
urpsrungszentrierte Abstandsvektoren aufgrund ihres Betrags in Selbstvektoren
(Länge 0), kurze intramolekulare Vektoren und lange intermolekulare Vektoren
eingeteilt werden.
∑
++−
⋅=
hkl
lwkvhui
ehklFuvwP
)(2
2
)()(
π
Gleichung 3.4
uvw:
Differenzvektor der Elektronendichte
│F(hkl)│: Strukturfaktoramplitude
Liegt nun ein geeignetes Modell vor, können dessen intramolekularen Vektoren
berechnet, verglichen und in einem Algorithmus durch eine entsprechende
Rotationsfunktion zu einer übereinstimmenden Orientierung gebracht werden. Mit der
aus der Indizierung erhaltenen Kristallsymmetrie können nun die intermolekularen
Vektoren verglichen und durch eine Translationsfunktion ebenfalls angepasst
werden. In einem Verfeinerungsschritt kann die Positionierung des Modells und die
Anpassung an die beobachteten Daten weiter verbessert werden. Die Berechnung
der Strukturfaktoren F
calc
und der entsprechenden Phasen aus dem Modell sowie die
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